De BBTK telt 20 gewestelijke afdelingen verspreid over het hele land. Zij zorgen voor de dienstverlening aan de leden en organiseren het vakbondswerk in de bedrijven. De hoofdzetel van de BBTK is de BBTK Federaal. Hier werken de medewerkers van de centrale diensten en het federaal secretariaat. Dit is bevoegd voor alle (inter)professionele materies in het kader van vakbondsinstanties op (inter)sectoraal vlak. Het bestaat uit 10 federale secretarissen, waaronder voorzitter Myriam Delmée en ondervoorzitter Johan Van Eeghem. Het federaal secretariaat wordt om de vier jaar tijdens een statutair congres verkozen.
